- PDB-код, полученный мной: 1asy;
- в записи PDB описана структура аспартил-тРНК;
- тРНК описана из SACCHAROMYCES CEREVISIAE
- идентификаторы цепей тРНК :R, :S ;
- также в записи описан белок аспартил-тРНК-синтетаза, состоящий из двух цепей А и В.
Так как в PDB-файле содержатся 2 одинаковые молекулы тРНК, для дальнейшей работы была выбрана одна цепь (R). С помомощью Rasmol был создан PDB-файл, содержащий только эту цепь тРНК.
U C C G U G A U A G U U PSU A A H2U G G H2U C A G A A U G G G C G C PSU U G U C 1MG C G U G C C A G A U 5MC G G G G T PSU C A A U U C C C C G U C G C G G A G C C A |
- Нумерация начинается с 601 нуклеотида, заканчивается 676.
- Пропущен номер 647.
- Вставок ("insertion codes") нет.
В последовательости присутствуют следующие модифицированные основания:
PSU
Псевдоуридин-5'-монофосфат
H2U
5,6-дигидроуридин-5'-монофосфат
1MG
1N-метилгуанозин-5'-монофосфат
5MC
5-метилцитидин-5'-монофосфат
5MU
5-метилуридин-5'-монофосфат
Выполнением команды find_pair -t .pdb stdout | analyze на сервере kodomo-count был получен файл 1asy.out. В нем записана информация о структуре тРНК, в том числе и о спиралях. Было найдено 2 спирали. Первая (красный цвет) - пар нуклеотидов; вторая (синий цвет) - пар нуклеотидов.
U C C G U G A U A G U U PSU A A H2U G G H2U C A G A A U G G G C G C PSU U G U C 1MG C G U G C C A G A U 5MC G G G G T PSU C A A U U C C C C G U C G C G G A G C C A
 |
Для получения изображения был выполнен следующий скрипт: select :R restrict selected #команды для раскраски спиралей wireframe off backbone 200 select all color grey define helix1 601-607, 649-655, 661-672, 658, 617:R define helix2 638-644, 610-615, 622-632, 608, 648:R select helix1 color pink select helix2 color green select *.P and 601:R label 601 select *.P and 676:R label 676 |
- Внеспиральные стекинг-взаимодействия.
- Примеры водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований, были найдены в описании спиралей в файле 1asy.out. Несколько из описанных взаимодействий:
- Взаимодействие между некомплементарными основаниями (G-U)
- Взаимодействие между комплементарными основаниями A и U O2-N6 и N3-N7 вместо O4-N6 и N3-N1
Для обнаружения внеспиральных стекинг-взаимодествий были выполнены
следующие команды:
background white define helix1 601-607, 649-655, 661-672, 658, 617:R define helix2 638-644, 610-615, 622-632, 608, 648:R select rna and not backbone restrict selected wireframe 100 select helix1 color pink select helix2 color green |
В результате получено изображение:
Серым цветом окрашены основания, не входящие в спирали. |
Среди этих оснований об 2 внеспиральных стекинг-взаимодествия:
 |
|
Спирали РнК напоминают спирали ДНК. Данная тРНК схожа с А-формой ДНК. Тако вывод можно сделать из сравнения следующих признаков:
- число оснований на виток: 11
- шаг спирали: 29,02 Å
- наличие "полости" при рассмотрении с торца
Вот то, что она нашла:
>tRNA_48_52 cgggg >tRNA_60_64 ccccg
Значение минимального веса при запуске программы было снижено до 14. Тем не менее это находка не соответствует найденным в предыдущих заданиях спиралей. Находка намного меньше, и в ней найдена только участок первой спирали (он выделен на картинке желтым).
 |
